ブラジル亀腐甲は自然治癒するかもしれないが、具体的に自然治癒できるかどうかは、ブラジル亀腐甲の状況が深刻かどうかによる。腐甲の状態がひどくなければ、完治することができる。ほとんどの腹甲は細菌感染によるものなので、飼育者は水をこまめに取り替え、水質を清潔にし、日光を浴びるだけで、背甲の細菌をほとんど殺すことができます。その上、ブラジルガメ自体の抵抗力と免疫力が強いので、彼らは完治することができます。
腐甲の状態が深刻であれば、それらは自力では治りにくい。腐甲病は後期になると正常な活動や食事に支障をきたすため、ブリーダー補助薬が必要となる。
もしブラジル亀の腐甲病が深刻でないならば、飼育者は薬を使わずに治療することができる。まずは毎日水を交換して、毎回半分ずつ水を交換して、彼らの生活の水質がきれいでさわやかであることを保証すればいい。これにより細菌再生を減らすことができる。次に日光をたくさん浴びることで、細菌を死滅・抑制することができます。
ブラジルガメの腐甲病が深刻な場合、飼育者はジニスロマイシン点眼剤と雲南白薬スプレーを組み合わせて治療する必要がある。治療の際には、まず水中からすくい上げ、陸上で乾燥させて飼う。次に雲南白薬スプレーを使い、腐甲のところにスプレーする。最後に、ジニスロマイシンのアイクリームを塗ります。1日1回、1週間続ければ治ります。