ワニガメの主な品種は2つあり、それはオオワニガメとワニガメです。しかし、子ワニガメはさらに4つの亜種に分けられ、それぞれ北米型、南米型、中米型、仏型であり、この4種のワニガメにもいくつかの違いがある。以下では主にオオワニガメとワニガメの違いを紹介する：
1、体形を見る：オオワニガメは成人になってからの体長が60~70センチであることが多く、オオワニガメは成人になってからの体長が30~45センチであることが多く、両者の体形には大きな違いがある。
2、背甲を見る：大鰐亀の背甲の甲峰は比較的明らかであるが、子鰐亀の甲峰はあまり明らかではなく、丸く見える。大きなワニの背甲の色は茶色が多く、小さなワニの背甲の色は茶色や黒褐色が多い。しかもオオワニガメの腹部には多数の触手があり、子ワニガメの腹部にはわずかな触手しかない。
3、尻尾を見る：オオワニガメの尻尾は比較的長く、ワニガメの尻尾は比較的短い。そしてワニガメの尾には、尾棘とも呼ばれるギザギザの形をした尾根がある。
異なる品種のワニガメは一緒に飼うことはお勧めできませんが、大きなワニガメも小さなワニガメも、大人になってからの体が大きいので、一緒に飼うとスペースが足りない場合があるからです。あとはワニガメのほうが獰猛な性格なので、幼少期に一緒に飼っても大きな問題はないかもしれません。しかし大人になると、彼らの縄張り意識が強くなるので、争いになることがあります。また、ワニガメは新陳代謝能力が高いため、2匹以上を一緒に飼っていると水質悪化のスピードが速くなり、生育にも不利になるという。
