ワニガメは精製水で養うことができて、彼らは水の要求が高くなくて、しかも劣悪な水質に耐えることができて、飼育した水がきれいで、彼らは正常な生存ができます。また、純水は他の水に比べてきれいで、汚染されていない。しかし、精製水には一酸化二水素やその他の有害物質が多量に含まれやすく、人体には影響がないが、ワニガメの通常の生活には影響があるため、飼育者が2−3日間曝露して完全に揮発させる必要がある。さらに精製水は殺菌、消毒、ろ過されており、ワニガメの生活に必要な微量元素も不足しているため、長時間の使用は勧められていない。また、クロコダイルガメは深水での生活を好むため、精製水を使って飼育するとコストもかかる。
ワニガメは水道水、井戸水、河川水などで飼うこともできますが、すでに述べたように、水質に対する要求は厳しくなく、水質さえきれいであればよいのです。水道水は精製水と比較的似ていて、人工的にろ過・殺菌されているので、出てきた水をろ過する必要はありませんが、しばらく干すことで、水中の有害物質をしっかりと揮発させることができます。
川の水や井戸水には、ワニガメの成長に必要な微量元素が多く含まれていますが、この2種類の水は汚染されやすく、飼育者は使用前にきれいにろ過する必要があります。
