硝化菌と脱窒菌は一緒に使えません。硝化細菌は一般的に魚を養う際に培養され、水中のアンモニア性窒素を硝酸塩に変える働きをして魚に毒を与えないようにし、硝酸塩は水生植物の養分にもなる。一方、脱窒菌の作用は逆で、硝酸塩をアンモニア性窒素に変えるもので、魚を飼うのには役に立たない。また硝化細菌は好気性環境を好むが、脱硝化細菌は嫌気性環境下で生存する必要がある。
1、準備容器：硝化システムを確立するにはまず硝化細菌に1つの居場所を与えなければならない。最高の容器はバクテリアハウスであり、セラミックリングを使用することもでき、それらはすべて硝化バクテリアの住居を提供することができて、バクテリアが付着することができて、水の中で漂い、より良い効果を発揮することを避けることができます。
2、原料の注入：硝化システムの確立を促進するためには、水槽に適量の原料、すなわち硝化細菌培養液を注入する必要がある。一般的に初回培養の際には毎週1回ずつ加え、1カ月間続けて加えると、加えなくてもよくなり、硝化システムはほぼ完成した。
3、消灯・酸素爆発：好気性細菌である硝化細菌の生育には十分な酸素が欠かせないため、菌培養中に消灯・酸素爆発を行うことが、培養期間の短縮と水質維持の一助となる。
