真珠亀の成長段階によって、適した水位の深さが異なる。飼育者は体の大きさに合わせて水位の深さを決めたほうがいい。一般的に、幼生の真珠亀は浅い水中での生活に適しており、飼育者は水位の高さと背甲の高さを一致させることが望ましいとされている。これにより、むせることも溺死することもなく、水位の高さも背甲の発育に影響しない。
体の大きさが大きくなるにつれて、水位の深さも大きくなる。彼らが成人した後、水位の高さは背甲の高さの2-3倍、最高3倍を超えないように保つことができます。大人になってからも体力と水泳能力が高く、水中での生活を好むため、飼育水位を深くすることができる。
真珠亀の水温に対する要求は高くない。高温にも低温にも耐えることができ、水温が20~30℃の間であれば、彼らはよく生存することができる。飼育者がよりよく生息させるためには、水温を25℃前後に保つことが望ましいという。この温度帯では、彼らの食欲と活動量が最も高いからだ。水温が低すぎると、彼らは食欲減退や活動量の減少などを起こす。水温が15℃を下回れば、彼らはまた冬眠に入る。