仏鰐亀は一般的に5年ぐらいを必要とし、発育成熟後、毎年4-9月に交配を行う。交尾前に雄が雌の背中によじ登り、最初は雌がよじ登ったり、動いたりしていたが、雄が滑り降りるとすぐにまたよじ登ったりと、雌の動きが止まるまで繰り返していた。雄ガメは交尾前に足をこぎ、雌ガメの背甲に前足を引っかけた後、雌ガメの繁殖穴に生殖器を入れて交尾を終える。交尾の際、雄ガメは頭をまっすぐに伸ばして左右に揺らし、ブワニガメの中には鼻の穴と鼻の穴を突き合わせて対峙するものもいる。
フクロガメは交尾に成功すると、6月にはメスが産卵を始めますが、産卵の際には、岸に登って開けた場所を探し、穴を掘って卵を産み、孵化するのを待ちます
フクロガメは交尾前に、メスとオスが一緒に飼わないほうがいいですし、けんかをしたときに生殖器を噛み壊して正常な交尾に影響を与えないようにしたほうがいいでしょう。飼育者はメスとオスを分けて育て、それぞれのメスを交互に入れることで受精率を高めることができる。
交尾の際には、飼育者が注意深く観察する必要があり、雌ガメが咬まれているのを発見した場合には、直ちに交尾を中止し、かつ隔離飼育する必要がある。