シミツチガメは深水ガメではなく、野外にいるときは深い水の中で生活することもあるが、養殖用の深い水位は、意外なことが多いかもしれない。背甲が他のカメに比べて重く、泳ぎが下手なため、深水養殖では換気の途中で溺れたり窒息したりする危険性が高い。また、毎日水面に登って日向ぼっこをする必要があり、深水養殖だと日向ぼっこができません。飼育者が深層水を利用して飼育したい場合は、飼育容器内に干し台を設けて、彼らが休憩したり日光浴をしたりするための別のスペースを設けることができる。
上記で述べたように、シミツチガメはあまり深い水位には向かないが、特に幼年のシミツチガメは深水飼育で溺死しやすいので、飼育者は背甲以上に水位を制御することができる。体の大きさが大きくなるにつれて、水位の高さも徐々に高くなることができる。彼らが成人した後、飼育者は水位の高さを背甲の高さの1~5倍に抑えることができるが、最高で5倍を超えないようにする。また、背甲の高さが3倍以上になると、日なたぼっこ台を作らなければならず、彼らには休憩や日なたぼっこをする場所がある。
