ネズミ魚が産卵した後、飼育者はすぐにそれらを削り取ることができる。受精後の卵であれば、飼育者はナイフやスキージで軽く削ることで卵を壊さず、より早くふ化させることができる。受精していない魚卵の場合は、飼育者がブラシで落とすことで、時間がたつと魚卵にカビが生え、水質に影響が出ないようにすることができる。卵を削ってから、約2~3日で小魚を孵化させることができる。
マウス魚が産卵した後、飼育者はまず親魚を隔離してから、受精した魚の卵をすくい上げて、単独の水槽に入れて孵化する必要がある。魚卵が沈木などに付着している場合は、ストローや刃を使って魚卵を取り出すことができます。
卵が孵化シリンダー内に移動した後、飼育者は水温を制御する必要があり、孵化成功の重要な要素であるため、水温を24−26℃に保つ。温度が高いほど孵化の速度は速くなるが、最高で26℃を超えることはできない。ふ化の期間中、飼育者は水質をきれいにするだけでなく、酸素を十分に確保する必要がある。孵化の環境が適切であれば、受精卵は約2~3日で孵化に成功する。孵化したばかりの小魚は餌を与える必要はなく、2~3日程度で母体からのビテロキサンチンを吸収した後、熟卵黄や豊年エビの卵などを与えることができる。