ゼブラフィッシュは正常に飼育されている場合は7日に1回水を交換することができます。ゼブラフィッシュは水質に対する要求が厳しくない上、普段飼育している間は水質汚染が深刻ではないことに加え、循環ろ過システムを導入している飼育者が多いため、水の入れ替え頻度を高くする必要がないからだ。しかし、飼育密度が高い場合や水質汚染が深刻な場合には、飼育者は水を交換する頻度を上げる必要があり、3−4日に1回は水を交換することができる。ゼブラフィッシュの水を交換する場合、水槽内のゴミや餌の残りかすを先にすくい上げる必要があり、また交換する水の量はあまり大きくせず、1回の交換量は総水量の3分の1に抑えておけばよいという。また水の入れ替え時の新しい水と古い水の温度差にも注意し、2℃を超えないようにしたほうがいいでしょう。
ゼブラフィッシュは水質に対する要求が高くなく、弱酸、弱アルカリ性、中性の水に対応できる。飼育者は普段から水道水で彼らを飼育することができ、水道水を使用する前に、飼育者は2-3日間日焼けする必要があり、これにより水中の塩素ガスを効果的に除去し、ゼブラフィッシュの健康に影響を及ぼさないようにすることができる。飼育者は川の水か湖の水で飼育するかを選ぶことができるが、川の水や湖の水は汚染されやすく、飼育者は何度もろ過して、ゼブラフィッシュに使用する必要がある。
