造景水槽清掃魚の糞は水交換の時に清掃することができます。水の交換は養魚に欠かせない一歩で、通常は固定的な交換周期がなく、水質の維持状況に応じて決定し、水質が良く維持されていれば少なく交換することができる。水を交換するにはまず水を汲み上げる必要があるが、汲み上げた水は底から汲み上げるのが一般的で、これによりシリンダー内の魚の糞を掃除することができる。
生物クリーンアップの方法は比較的に造景水槽に适していて、いくつかの道具エビ、道具螺などを飼うことができて、それらはすべて糞便をクリーンアップする作用があって、しかも造景が援護を提供するため、容易に魚に食べられません。ただし、すべてのツルガイが入れられるわけではないので注意して、シリンダー内で繁殖しないサイダーガイを飼ったほうがいいでしょう。
水槽のろ過システムが比較的に強力であれば、ろ過の方式に依存してそれをろ過することもできます。ろ過にはポンプが必要です。ポンプは水流を生成し、水流はシリンダー内の雑物をフィルターボックスに取り込むことができ、ろ過の効果を発揮します。ろ過は魚の糞がなくなったように見えても、カートリッジの中にたまると水を汚すこともあるので注意が必要です。
実は水槽内の糞便は処理しなくてもいいです。自然分解を待って、分解後にアンモニア性窒素が発生しますが、水槽内には良好な硝化システムがあります。硝化細菌はアンモニア性窒素を転化することができて、魚が毒を受けないようにして、硝酸塩を発生して、水槽内の水生植物の養分とすることができます。