上部濾過水槽の水位は一般的に水槽の高さの5分の4程度である。上ろ過水槽は水中ポンプを使用して、このポンプは完全に水の中に入れなければならなくて、そうでないとポンプを燃やしてそれが破損する可能性があります。水中ポンプは、底部から上のフィルターボックスに水を汲み上げ、何重にもろ過して水槽に戻すことでろ過を完了するもので、底部ろ過に比べてろ過効果はあまり高くありませんが、簡単に設置することができます。
1、ろ過綿：ろ過綿は通常第一層のろ材であり、その作用は水の不純物をろ過することであり、主に物理的なろ過を担当する。使っているうちに不純物がどんどん溜まっていくため、徐々に目詰まりしてろ過の効率に影響するため、定期的に洗って薄くなったら新しいものに交換する必要がある。
2、活性炭：活性炭は一般的に第二層に置かれ、綿をろ過した後、水中のイオンを吸着して浄水の役割を果たす。活性炭には上限があり、飽和すると吸着が続かず、逆にこれらのイオンが放出されるため、定期的に交換も行うことに注意が必要だ。
3、バクテリアハウス：バクテリアハウスは他のろ材と異なり、直接ろ過の役割を果たすわけではないが、硝化細菌が付着する場所を提供し、それがあって初めて生物ろ過ができる。バクテリアハウスは洗ってはいけないので、どうしても洗うにはバッチで洗わなければなりません。そうしないと、本来の硝化システムを壊してしまいます。
