メダカは体が小さいときはオスとメスの見分けがつきにくく、飼育者は大きくなってからオスとメスの見分けがしやすい。雄雌の特徴は、通常1.5センチになると明らかになる。
メダカの雄雌の区別まず外形で判断できますが、メダカの雄と雌では尻鰭が違います。雌の尻鰭にはカーブがありますが、雄の尻鰭にはありません。これは直感的で明らかなものです。
次に体の大きさで判断できますが、大人になってからのメスとオスの体も似ていないので、一般的にオスの体は相対的に大きくなりますが、同じ環境内で生まれ、飼育されている場合にのみこの方法で見分けることができます。
さらにその活性を見ると、オスのほうが活性が高く、特に摂食時と繁殖時に性格の違いがはっきりする。
最後に繁殖時期の変化を見ることができますが、オスは発情すると腹びれが黒くなり、しかも頭の両目の間に黒い線が入り、メスは腹部がわずかに膨らみ、しかも活動量が減少します。
メダカ雄雌は一緒に飼うことができるのは、性格が温和で雄も雌も習性が同じで、同じ品種の魚同士なので、お互いに攻撃し合うことはありません。メダカは幼魚の段階ではオスとメスの区別がつきにくいので、一緒に飼うしかありませんが、別々に飼いたい場合は成長してからになります。