メダカはグッピーは熱帯魚、メダカは冷水魚なので、0~30℃の水温に適応できるメダカですが、高温の環境で長期間生活すると抵抗力も免疫力も低下するので、一緒に混養するのは適していません。
次に、それらの観賞に最適な角度は異なり、メダカの主な観賞角度は見下ろしであることから、メダカは観背メダカとも呼ばれるが、グッピーの観賞に最適な角度は側面であり、両者を混養すると一方の観賞性に影響を与える。最後に、メダカは濃密な水草の中での生活を好むのに対し、グッピーは裸水槽飼育に適しており、生活環境の要求が異なることがあげられる。
飼育者がグッピーとメダカを一緒に飼いたいのであれば、まず飼育密度に注意すること、メダカは活性が大きいので、飼育者が十分な空間を用意しなければ生き延びることができない。次に与える量に注意することですが、メダカは餌を奪い取らないので、飼育者が別々に餌を与える必要があります。
メダカはゼブラフィッシュ、カダヤシ、シラウオなどと混養することができますが、これらの魚はどちらも性格が穏やかで、体の大きさも似ていて、環境への適応力も高いため、メダカと混養するのに適しています。メダカは混養の際に飼育密度に注意する必要があるが、活性が高く、縄張り意識が強いため、よりよく生息するために十分な活動空間が必要である。