塩はすべて錦鯉からの寄生虫を殺すことはできず、それらには殺菌消毒の作用がありますが、塩を加えることは水の浸透圧を高めることであり、直接寄生虫を殺すわけではありません。また、入れる塩が少ないと寄生虫にはあまり効果がなく、入れる塩が多いと錦鯉の体にダメージを与えますので、錦鯉が寄生虫に感染したら薬剤を使って殺虫することが望ましいです。
前述したように、錦鯉の寄生虫を塩ですべて殺すことはできないので、薬による治療が必要です。投薬の前に、飼育者は錦鯉がどの寄生虫に感染しているかを特定する必要がある。寄生虫によって治療の方法が異なるからだ。アンカノミのような寄生虫は、薬だけでは完全に死滅させることができず、飼育者はまずピンセットで駆除した後、メトリホナートを割合で割り、病気の魚を薬浴する必要があるが、薬浴は3−5日で効果が出ると考えられている。
後期の飼育過程では、定期的に消毒し、ろ過システム、特に生化学ろ過を強化しなければならない。そうすれば水槽内の硝化細菌が増え、たとえ少量の細菌や寄生虫があっても、水中の生態バランスに頼って、自分で治ることができる。
