ワニガメの皮が剥けるのは脱皮しているのかもしれないが、これは正常な生理現象に属する。通常、ワニガメが成長する黄金期に出現する。ワニガメの多くは1年に1度脱皮し、脱皮後は新しい皮膚が黄色や白に変化する。ワニガメは脱皮する際に餌の必要量が増加し、飼育者は栄養価の高い餌を多く与える必要があり、脱皮の速度を高めることができる。脱皮の際にはこまめに水を交換しなければならない。脱皮は水質を汚しやすく、また脱皮の際には新陳代謝が高いため、できれば2日に1回、総水量の2分の1に抑えて水を交換すればよい。
ワニガメの皮膚が腐っているのは腐皮病にかかっている可能性があり、主に水質の悪さや細菌感染などが原因です。アニガメは腐皮病にかかると患部が腐ったり、臭くなったりすることがあり、症状が深刻な場合は腐った面積が拡大することもある。飼育者はまずワニガメをすくってから過マンガン酸カリウム溶液で容器を消毒し、新しい水に入れ替えてからワニガメを入れる必要がある。腐皮がひどい場合は、過マンガン酸カリウム溶液や食塩水の薬浴を10分以上しないようにしたり、ペニシリン軟膏を塗って治療したりします。
