硝化細菌は直接水に入れてもいいし、細菌屋に入れてもいいです。硝化細菌を入れる主な目的は硝化システムを構築することであり，時間が長くなると硝化システムは自立するが，直接硝化細菌を添加することで硝化システム構築時間を短縮でき，早く養魚したい人には必要である。また、硝化細菌は好気性細菌として、培養過程で酸素を充てることに注意しなければならない。
1、亜硝酸細菌：亜硝酸細菌はアンモニア酸化細菌とも呼ばれ、硝化作用の中で、それは第一段階の作用菌である。この細菌は，水中のアンモニア性窒素を亜硝酸に変換することを目的として存在し，両者とも魚に害を与えるが，亜硝酸は硝化細菌によってさらに変換され，水質改善に役立つ。亜硝酸細菌は光に敏感なので、光を避けるように注意しなければなりません。
2、硝酸細菌：硝酸細菌は亜硝酸酸化菌とも呼ばれ、硝化作用の第二段階の作用菌であり、水中の亜硝酸を硝酸に変換することができる。硝酸塩は魚にあまり役に立たないが、少なくとも無害で、水の中の植物に吸収されることもでき、非常に良い窒素肥料であり、水草と藻類の成長を加速させ、魚に酸素と食べ物を提供することもできる。
