グッピーは淡水魚です。グッピーが生息する水質から、淡水魚に分類することができる。これは主に、水の塩分が高すぎると浸透圧が低下するためです。例えば海水中で飼育すると、海水中の塩の濃度が高く、体内の塩の濃度が低いため、体内の水分がどんどん海に流れてしまい、水分を失いすぎて死んでしまいます。そのため普段からグッピーを飼育する際には、使用する水の塩の濃度を0.05%以下に保つことが望ましいとされており、高すぎると生息に支障をきたすことになる。
きれいな川や湖の水で上手に育てる。河川や湖沼の水には彼らの生活に适したミネラルが多く含まれていて、その中にはpHも比較的适しています。飼育中は常に水を交換し、温度を25℃に保てば十分に生活できるが、近年は河川や湖沼の水質汚染が深刻で、輸送コストも高く、きれいな水を得ることが困難である。そのため水道水や井戸水もおすすめです。
水道水は人工的に殺菌消毒して得られますが、井戸水は何層にもろ過して得られますので、それらを使ってグッピーを飼育するとグッピーも元気に生きられるようになります。ただし水道水を使用する前に、数日間晒して塩素を除去する必要がある。