水槽内にろ過システムがあれば、水槽内の水を物理的、化学的、生物的にろ過し、水中の不純物や藻類を除去することができ、その際、1週間に1回水を交換することができる。水槽の中にろ過システムがなければ、2~3日に1回は水を入れ替える必要がある。羅漢魚は排泄量が多いので、長期間水を入れ替えないと水質を汚染してしまいます。
まず合理的な水源を選ぶ。羅漢魚は淡水魚なので、川の水で飼育することも、水道水で飼育することもできる。川の水は彼らの成長に最も适した水で、その中には羅漢魚の成長に适した各種の栄養素が含まれていますが、この水は比較的に入手しにくいです。水道水は天然水を殺菌消毒して得られるもので、入手しやすく、清潔であるため、養魚には比較的適しているが、使用する前には塩素除去に注意しなければならない。塩素ガスは、羅漢魚の健康に影響を及ぼす有毒ガスである。
次に、水を入れ替える量をコントロールするのですが、一般的には、元の水量の4分の1ずつ入れ替えればいいとされています。水の入れ替えが多すぎると、水質に影響が出ます。ただし、水槽の中の水が悪いと、4分の1を入れ替えるだけでは水質浄化の効果が得られないので、半分を入れ替える必要があります。水を入れ替える際にも、新しい水の温度が水槽の中の元の水温とあまりずれないように気をつけましょう。