グッピーの体内受精は、グッピーが成長して成熟するまで待ってから、オスがメスを追いかけ、精子をメスの体内に排出します。その後、精子と卵子が結合して受精卵となり、次に受精卵が雌グッピーから孵化して稚魚となる。ふ化してしばらくすると、雌のグッピーが稚魚を体外に排出する。
彼らが順調に繁殖するためには、適切な年齢で健康な雌雄のグッピーを選んで繁殖させることができる。良い親魚は受精率を上げる。受精すると、メスのグッピーはお尻の斑点が大きくなって色が濃くなり、肛門が突き出ます。その際、雌のグッピーをすくって単独で飼育する必要がある。小さなグッピーを産み終えたら、幼魚を取らないようにグッピーをすくい上げます。
グッピーは多収型の魚で、一般的に生後3~4カ月で生殖器官が成熟し、この時に繁殖を行うことができます。ほぼ毎月1回、年に最大12回の卵を産むことができ、1回の産卵量も非常に多く、一度に10~120匹の稚魚を産むことができる。一般的に体が大きくなればなるほど、産卵量が多くなる。ただし、3世代以内のグッピーを選択しないように注意しなければ、子孫の生存率を下げるだけでなく、子孫の罹患率を増加させることになる。