水槽の水は澄んでいれば透明であるほど良いわけではない。水清ければ魚なしと言われるが、あまり澄んだ水では、かえって善玉イオンや微生物などが不足して魚が生きられなくなる。だから魚を飼うのに適した水は必ずしも特別に澄んでいるわけではなく、多くの魚は緑の水で飼うのに適しているが、この水は観賞に一定の影響を与える。また、目に見えない有害物質もあるので、水が澄んでいるからといって魚が健康に育つわけではありません。
1、ろ過：水質を維持するには、ろ過が最善の方法である。ろ過設備はたくさんありますが、大きいものが適切とは限りませんので、流量をよく見て、シリンダー内の水を1時間に7~10回程度循環できるようにしなければなりません。また、濾過する濾材も、濾綿、活性炭、そしてバクテリアハウスなど、揃っていなければならない。
2、水の入れ替え：ろ過に加えて、早く水質を改善できる方法として、水の入れ替えがあります。通常、水の交換は週に1回行われ、あまり頻繁に交換しないと魚が刺激を受けることがあります。また、水の入れ替え量もあまり大きくすることはできず、通常は1回につき4分の1程度で済みます。
3、酸素充填：水質維持は澄んでいるかどうかだけではなく、条件があれば水中のアンモニア性窒素量を測定し、比較的高い場合には硝化細菌の規模が不足し、繁殖を促進するために電気を消して酸素を爆発させることで硝化システムを構築し、水の改善につなげることができる。
