1、尻尾を見る：尻尾でハナガメが雄か雌かを見分けることができる。雄のハナガメの尻尾は細長く、尾根は放殖孔から近いように見えるが、雌のハナガメは逆に、尾は太く短く、尾根は放殖孔から遠い。
2、腹甲の形を見る：腹甲が奥に凹んでいるのが雄で、雌は腹甲が平らに見えるが、逆に触ると腹甲がカーブしている。また、雄ハナガメの腹甲にある2枚の肛門盾の欠刻は触ってみると浅く、欠刻の角度が大きく見える。母ハナガメの腹甲にある2枚の肛門盾の欠刻は比較的深く、欠刻の角度は比較的小さい。
3、腹甲模様を見る：腹模様が薄いのが雄、腹模様が密集しているのが雌である。
4、背甲を見る：背甲が広くて短いのが雄、背甲が狭くて長いのが雌である。
ハナガメは年齢を見分ける主に2つの方法がある：
1、腹斑：ハナガメを裏返して四つんばいにすると、腹斑にぐるぐると模様が見える。模様は輪になっているものもあれば、輪になっていないものもあり、1つの輪がハナガメの1歳を表し、いくつかの輪があれば何歳になる。
2、背中甲羅：十三塊六角法で年齢を判断するとも言われていますが、ハナガメの甲羅にも輪があり、何輪あれば何歳で、輪の数が多い亀は年齢が長いです。
