クロレラを治理する最も良い方法は生物防治であり、藻類の成長には一定の養分が必要であり、もし養魚池に十分な水草があれば、それらはよく成長すれば、藻類に生存空間を残さない。水草以外にも、ドブガイやハクレンなど、摂餌性の動物を飼うことができ、クロレラを食べることもできます。
生物による予防と治療のほか、薬物を用いてクロレラを除去し、水質を改善することもできる。常用薬は硫酸銅で、池全体に散布することができ、濃度は0.7 ppmに達し、その後2日待ってから半分の水を取り替える必要がある。この薬は温度の影響を受け、溶解時の水温が60℃を超えないように注意する必要があります。そうしないと失効します。
クロレラは光合成自養植物の一種であり、成長と繁殖は主に光の情況と関係があり、もし光が特に強ければ、大量に繁殖し、さらに水体の緑色になる。池の規模が大きくなければ、ビニールハウスが陰を遮ることが考えられ、光を遮断することで、成長を制限し、水体の環境を改善することができます。
クロレラは肥力の高い水体の中で更に爆発しやすく、水肥力の向上の原因は投与量が多すぎて、池の中の残餌にしても魚の排泄物にしても、分解後にそれらの養分になる。投与を減らすことで養分源を下げ、緑水を徐々に澄ませることもできます。