通常水槽の中に魚の糞があるのは処理しなくても、筒内の異養菌はそれを分解し、分解後に発生したアンモニア窒素は硝化細菌に吸収されて硝酸塩に変換され、硝酸塩は水生植物の養分である。しかし、これらのすべての発生条件は筒内の硝化システムが完成したことであり、そうでなければ他の整理方法が必要である。
水槽の中にフィルターを取り付ける必要があり、フィルターは水中の污れをよく取り除くことができて、水槽内の水の流れが标准に达すれば、鱼の大便と残饵などはすべてフィルターの吸水口に吸い込まれます。しかし、強力な濾過も万能ではなく、水の循環に問題があれば、例えばオーバーフローが発生すれば、魚の糞の動きは浮遊している。
シリンダー内の濾過能力が強くない場合は、魚の糞を人工的に掃除する必要があり、水替えの際に行うのが一般的です。1本のパイプでシリンダーの底まで伸ばして、サイホン法でシリンダーの底を抽出することで、汚物の一部を持っていくことができ、その後、シリンダーの壁から新しい水を引けばいいのです。水換えはこまめにしすぎず、水量も多すぎないように注意が必要です。
清道夫を養うのは魚の糞を処理するのに最適な選択ではありません。確かに食べますが、排泄もあるので、水質を汚染します。この魚のほかにも、ネズミやエビなど、水生動物が魚の糞を食べることも考えられますが、排泄物も掃除する必要があります。