気温が15℃以下になると、ブラジルガメは冬眠状態になります。穴を見つけて中に入ります。これは肝が小さく、穴が開いていることが安心感を与えてくれるからです。その間、岸で休んでいるときと同じように頭や四肢を甲羅の中に引っ込め、目を固く閉じている。冬眠中は、体の各器官の代謝が非常に遅くなる。彼らは運動もしないし、食事もしないし、排便もしない。適温時、つまり15℃を超えて使用すると、彼らは息を吹き返します。
彼らは一般的に毎年10月に冬眠時期に入る。温度が高ければ、彼らの冬眠を遅らせることにもなります。毎年冬眠する前に大量の餌を食べ、冬眠のための熱を蓄える。毎年9~10月には、家禽肉や内臓などの高脂肪・高たんぱく食を与えることができる。だいたい翌年の4月には目が覚めます。
冬眠中は、日光が当たらないようにして、早めに目を覚まさないようにしたほうがいいでしょう。温度もコントロールしなければならず、気温の上昇は覚醒時間にも影響します。早めに目を覚まして餌を与えないと餓死させてしまう。また、温度も7℃以上にしなければならず、温度が低すぎると凍死してしまうこともあります。