ゼブラフィッシュは隔離しなくても産卵できますが、隔離しないと自分の卵を食べてしまいがちです。ゼブラフィッシュが卵を産むのは明け方から午前10時ごろまでなので、飼育者は、明け方の出産時に誤って自分の卵を食べないように、事前に隔離しておいたほうがいいでしょう。
まず、生産用の水槽を用意し、大きさは25*25cm、水温は25~26度、水槽内の水の硬度は6~8、pHは6.5~7.5の範囲が望ましい。次に、かめの底にナイロン製の網板を敷いたり、小石を何層か敷いたりすると、ゼブラフィッシュの卵は生まれてから網板の下や小石の隙間に落ちてしまい、母魚に食べられなくなる。
水温が24度であれば一般的に2~3日で小魚が孵化し、28度であれば36時間で孵化する。具体的には水槽内の水温によるが、温度が高いほど孵化時間が短くなる。ゼブラフィッシュは一般的に1回あたり300個以上の卵を産み、多いものでは千個以上の卵を産む。一般的に産卵は未明から午前10時までで、産卵後7~8時間待つと白っぽくなった卵が見つかりますが、これは受精していないので、ストローで吸い出すことができます。