糸を選ぶ際には、その色が重要なポイントとなる。魚類は色盲ではなく、色の違いを見分ける能力があるため、釣りをする際には適切な色を選ぶよう注意する必要がある。現在、市場で売られている釣り糸の色は非常に多様で、様々な色があり、それらを使って釣りの効果は異なっている。具体的にどんな色の釣り糸を選ぶかは、その状況に合わせて調整することができます。
一般的に、釣り糸の色が水の色と一致しているか、似ているときは魚が見えなくなることがあり、このときは魚がかかりやすくなります。そのため、水が澄んでいる場合は、白い糸や透明な糸をそのまま使うと釣りがよくなります。ただし、水の中に不純物が多い場合は、魚が気づきにくいように灰色の線が考えられます、フラワーライン、つまり2色が交錯する釣り糸も考えられます。例えば赤と黄色が交錯している釣り糸のような花糸は、魚に糸が実体とは思えないように錯覚を与え、釣れやすくすることができる。
いろいろな色の糸の中に、赤い糸がある。釣りをするときは、この手の赤い糸を選ぶといいでしょう。スペクトルや水の吸収作用から、赤色は浅い水層では水に吸収されてしまうため、魚に気づかれにくいため、赤色の線が適していると考えられる。逆に、紫や緑などの他の色は、水に吸収されにくいので、魚に発見されやすい。これらの色を使用した釣り糸では、釣りの効果はあまり高くありません。