錦鯉は中大型の魚に属し、それらは比較的多く食べて、引くことも多いので、水質を清潔に保つことが重要になります。水質が汚染されると、中のアンモニアガスの含有量が増大し、このガスによってニシキゴイの抵抗力が低下し、体が弱って長期間続けると死に至るリスクがある。水質を良好に保つためには、清潔な魚を一定数配置することができる。それ以外にも水槽内のろ過システムが強化されていることは見逃せません。
ニシキゴイに適した清浄魚は次のような種類がある：
1、ドジョウ：主な生息域は水槽の底にあり、ニシキゴイの活働域と衝突しないので、混養に問題はない。また、ドジョウの主な餌源は、かめの中の食べかすや魚の糞、不純物なので、掃除の効果も高い。
2、清苔魚：この魚は水槽の中の緑苔の清掃効果が比較的に良く、錦鯉と一緒に飼っても冲突しない。
3、スカベンジャー：スカベンジャーは機能性魚類で、水槽の中によく現れ、清掃員とも呼ばれ、水質維持に強い役割を持つ。
