硝化細菌を放出した後、一週間で水を交換することができる。硝化細菌の培養には一般的に5−7日間を要するが、培養が成功する前に水を交換すると、新しい水が本来の硝化システムを破壊して培養サイクルが長くなるため、7日後に硝化システムが確立したことを確認してから水を交換することになる。硝化システムが確立されたことは、水が濁っていた状態から澄んだ状態になったことを示すものであることに注意する必要がある。
1、濾材を洗浄する：最も容易に硝化細菌を破壊する方法と言えば、濾材を洗浄することはできなくて、濾過綿にしても細菌ハウスにしても、それらの上にはすべて大量の硝化細菌が付着しているので、一度洗浄すると本来の硝化システムを破壊して、水槽の水はすぐに濁ることができますので、濾材を頻繁に洗浄しないで、しかもバッチ洗浄することが望ましいです。
2、頻繁な水の交換：ろ材の洗浄以外に、頻繁な水の交換も硝化細菌に影響を与え、大量の死亡を招く。また水の入れ替えが頻繁に行われると、魚も刺激を受けて、何らかの不調の表現が生じることがあります。だから日常の飼育中は水交換サイクルをコントロールして、1週間に1回交換すればいい。
3、紫外線ランプ：養魚魚の安全を保証するために、定期的に殺菌する必要がありますが、紫外線ランプは殺菌の手段の一つです。注意が必要なのは、殺菌は悪玉菌を殺すだけでなく、同時に善玉菌も退治するため、硝化細菌も死滅してしまうことです。
