草筒用防藻剤は、その種類に応じて適切な濃度を選択し、水で割ってから筒に注ぎ、有効になるのを待つ必要がある。特筆すべきは、この方式による藻除去は効果が大きいが、薬物の過剰摂取が水草や他の生物の健康に影響を及ぼし、シリンダー内の本来の生態バランスを崩すリスクもあることだ。ですから、できるだけ悪い薬害を出さないように、用量をコントロールしなければなりません。
1、褐藻：褐藻はシリンダーの初期に容易に生長する藻類で、この時の硝化システムが確立されていないため、シリンダー内に大量のアンモニア窒素があって、これはそれに生長に一定の養分を提供する。しかしこの藻の被害も大きくなく、一般的に硝化システムが安定し、水草が正常に成長した後、褐藻は徐々に死滅する。
2、糸状藻：糸状藻も、褐藻が消えた後に出現する一般的な藻で、水草に絡まるため、非常に解決が難しく、手動で掃除するしかありません。普通は箸やピンセットを使って、それを挟んでゆっくり取るのですが、途中で水草を傷つけないように気をつけましょう。
3、黒毛藻：黒毛藻は各種類の藻の中で最も解决しにくいので、それは除去しにくいだけでなく、非常に頑固で、藻を食べる魚はきっと食べきれないことを期待して、手動の清掃も非常に限られている。そのため完全に駆除するには除藻剤を用いることが望ましいが、希釈したグルタルアルデヒドを用いることが推奨されており、効果は早い。
