除藻剤は硝化細菌に影響があり、一度過剰に使用すると硝化細菌の大量の死亡を招くことができて、それによって全体の水槽の生態のバランスに影響する。除藻剤は一般的に藻類を駆除するためのものであるが、ただ除藻するだけではなく、シリンダー内の他の生物にも影響を与えるため、他の生物に危害を与えないように、その量をコントロールし、一度に多く使用しすぎないようにしなければならない。
1、選択薬物：除藻剤を使用するにはまず選択に注意しなければならない。市販されている除藻剤は2種類あり、それぞれグルタルアルデヒドと硫酸銅であり、それらの除藻効果はいずれも良好であるため、どちらを使用してもよいが、注意しなければならないのは、両者が反応して本来の薬効を失うため、一緒に使用することはできないことである。
2、用量に注意：前述のように、除藻剤は過剰になると一定の危害があるので、その用量をコントロールすることは極めて重要である。グルタルアルデヒドの場合、通常は水50リットルあたり2%の薬物を添加すればよいが、過剰になるとシリンダー内の他の生物に影響を及ぼし、硝化系を破壊することもある。
3、日常予防：藻除去剤は藻を除去するだけでなく、同時に予防の役割を果たすことができる。通常の使用とは異なり、藻類の発生を予防するには、さらに濃度を下げなければいけないので、魚類や水草などに危害を及ぼさない。
