ジャコウ亀を養殖する時、それらを他のカメの品種と一緒に混養することを選ぶことができます。ただし，カメの品種すべてがOKというわけではないので，混養には考慮すべき点が多いことに注意されたい。まず、体型の面から見ると、麝香亀は小型のカメの品種で、それと混養しているカメの体型は同じくらいがよく、体型の差はあまり大きくない。また、習性の面から、麝香亀は深水亀の一種であるため、同じ深水の中で生活できる亀の品種を選んだほうがよく、その後の養殖過程で水位を調節しやすい。
以上のことを総合すると，黄頭側頸亀や剃刀亀など，選択できる品種が多い。具体的にどの品種を選ぶかは、養殖者の審美や価格など多方面の要素によって決定することができる。いくつかのよく見られるカメの品種はムスクの香亀と一緒に飼育するのに適していません。例えば草亀は、深い水の中で生活できないからです。
ブラジル亀もよく見られる亀の品種で、多くの養殖者はジャコウ亀と一緒に飼いたいと思っているかもしれません。しかし、全体的に見て、ブラジルのカメはムスクのカメと一緒に飼うのにあまり適していません。ブラジルのカメの習性の特徴はムスクのカメとあまり一致していないので、特に水位に対する要求では、ブラジルのカメは深い水の中で生活することができません。しかし，ジャコウ亀がまだ小さい場合には水位をあまり高くする必要はなく，その場合にはバシガメとジャコウ亀を合わせることが考えられる。
