水槽の中の水をきれいにするには、定期的な水の入れ替えで解決します。養魚は必ず水を交換しなければならない。水質が老化するため、時間が長くなっても交換しないと水中のアンモニア性窒素の含有量が高すぎて、魚の健康に影響する。通常は水質の維持状況にもよりますが、数日か1週間に1回、4分の1ずつ交換すればいいのです。
頻繁に水を入れ替えたくないなら、ろ過を強化するのが一番です。同じように水質を維持し、濁った水をきれいにすることができます。ろ過は通常、水の中の不純物を取り除く物理ろ過と、有機物の分解で発生したアンモニア性窒素を除去して魚に毒を与えない生物ろ過の2種類がある。
設備ろ過による水質改善のほか、道具魚を飼うことによっても同様の目的を達成することができ、よくある道具魚はスカベンジャー、金苔鼠、各種飛狐などがあり、それらは残餌を食べることができて、あるものは藻類を掃除することができて、これらはすべて水質改善の作用を発揮することができます。
水の濁りは水質の問題だけでなく、藻類による可能性もあるが、藻類の生長は主に光と養分に依存する。日陰にして餌を減らすことで藻類の発生を防ぎ、水の濁りを避けることができる。藻類がすでに大量に繁殖している場合は、速やかに駆除しなければならない。