水槽に黒い苔が入っていたら、人の手で掃除するのが一番です。かめの中の魚をすくい上げ、別の場所で一時的に飼い、かめの中の藻を掻き落としてすくい上げる。人の手で掃除する方法は便利ですが、長続きするわけではなく、時間が経つと成長していきます。
定期的に掃除するのが面倒なら、かめの中の藻類をどんどんかじってしまう藻類を飼うといいでしょう。よく見られる藻食い魚には、アオコネズミ、イワキツネ、メリーフィッシュ、キスフィッシュなどがあります。アオノリネズミは幼魚の時だけ藻を食べますが、成魚になると他の魚に不利になるので、早めに取っておくことが大切です。ポケモンは藻類だけを食べているので、藻類が死滅すると簡単に死んでしまう。
除藻剤もよく使われる掃除手段ですが、量を控えることに注意し、入れすぎると薬害になりやすいです。通常、除藻剤にはグルタルアルデヒドと硫酸銅の2種類があり、いずれも良い除藻効果があるが、混合して使用することはできない。また、除藻剤は少量の使用で予防効果も期待できます。
黒苔は掃除するだけでなく、同時にしっかりと予防しなければならない。水槽は日向に置かないほうがいい。光は様々な藻類の生長繁殖の必要条件であるため、餌を与える量を制御する必要がある。このようにして水の富栄養化を避けることができ、水がこんなに肥えていないと、藻類は生長しにくい。
