水槽に苔が生えないようにするには、定期的な水の入れ替えが一番です。水を入れ替えることで水質が改善され、水中の苔の数が減り、有機物も除去されます。これらの物質が少なくなると、苔が成長しようとしても養分が不足してしまいます。ただし、苔を防ぐために頻繁に水を入れ替えるのではなく、水を入れ替える回数が多いと魚に刺激を与えてしまいます。
魚を飼うには餌を与える必要がありますが、餌をやりすぎると水が肥えてしまうこともあり、それによって苔も成長・繁殖します。そのため苔の成長を防ぐには、源から手をつけ、与える総量を減らすのがよい。通常は1日に3回与え、1回5~10分以内に食べ終わればよいので、一度にたくさん与えすぎないようにしましょう。
苔の成長と光の当たり方にも関係があるので、その数をコントロールしようとすると、このあたりから手をつけることもできます。水槽に長時間光を当てないで、室内の少し暗い場所に置いたほうがいい。水槽内には専用の水族ランプを用意して光を補うことができ、毎日4-10時間つけておけば十分だ。
水槽内で藻類魚を飼うと、コケネズミ、メリーフィッシュ、ブラックマリーなど、苔の成長を避けることもできますが、稚魚の時期にしか藻類を食べない魚がいるので、大きくなってからすくい上げる必要があるのと、藻類だけを食べる魚がいるので、苔がなくなったら、藻にエサを与える必要があるので注意が必要です。