黒殻エビの糞が多くなければ、人工的に掃除する必要はありません。これらの糞はゆっくりとシリンダーの底に沈んで、自然に分解されます。しかし、養殖密度が高く、黒殻エビの糞が多い場合は、人工的に整理する必要があります。さもないと、水槽全体がエビの糞で乱飛し、観賞に影響を与えるだけでなく、水質を汚染し、その中の魚やエビの正常な成長にも影響を与える。
黒殻エビの糞の掃除には、濾過システムが必要です。水槽の中に濾過システムを設置し、エビの糞を分解するのに役立ちます。水換えの際には、人工的にエビの糞を掃除することもできます。揚水管があれば、それをそのまま使ってエビの糞を水から吸い出すことができます。もしエビの糞がシリンダーの底に沈んでいて、底の砂と混ざっていたら、洗砂器で砂を洗って、その中のエビの糞を掃除することができます。
水を交換するのも水質を保つ一つの方法で、水を交換するときにエビの糞と古い水を一緒に交換しても、エビの糞を除去することができます。ただ、黒殻エビは環境が急に変わったときに死にやすいので、頻繁に水を変えることはできません。月に一度は変えたほうがいいです。水替えのたびに全ての水を入れ替えるわけにもいきませんし、3分の1程度か2分の1程度に交換すればいいだけです。
